1、概念不同
综合应用能力：考试面向事业单位，考查考生在某一领域内、专业性更强，实际解决问题的能力，处理具体问题。
申论：公务考试的考试科目，考查社会共性问题，侧重考核考生的政治敏感度，对政策的把握，属于方向性。
2、考查能力不同
综合应用能力：管理角色能力、分析判断能力、计划与控制能力、协调管理能力、文字表达能力等。
申论：考查阅读理解能力、综合分析能力、提出问题和解决问题的能力、文字表达能力等。
3、主题不同
综合应用能力：统考主题为微观主题，消极性的社会话题为主，比如校园养宠物引起的矛盾，校门口交通拥堵，公共自行车服务与管理等。
申论：以政治、经济、文化、社会、生态五大领域的中观或宏观问题为主，比如乡村振兴、大众创业万众创新、文化输出、脱贫攻坚等。
4、身份限定不同
综合应用能力：主要题型有归纳概括、提出对策、应变处理、公文写作。与《申论》相比，题目设置有明显的身份定位。比如2016年10月29日考试“假如你是M市公共自行车管理服务中心的一名工作人员，根据背景材料，完成下列任务。”2016年5月21日考试“假如你是和平小区办公室工作人员，根据材料完成任务”，2016年5月23日考试“假如你是校团委刚入职的工作人员，请根据所给材料完成以下任务”，每个题目都有统一明确的身份要求。
申论：只有云南省综合应用能力b类提出对策题和贯彻执行题有身份限定，如2019云南省考区县“H市将召开一次关于F县“四访”工作的云南省综合应用能力b类经验推广大会，假设你是F县发言代表，请你根据“给定资料3”，写一份介绍PA乡“四访”工作经验云南省综合应用能力b类的发言提纲。”，其余的没有身份限制。